昭宗摆平了杨复恭虽是他的胜利，但是却侧面上造成李茂贞等节度使的权利进一步膨胀，他们本来就不把皇帝放在眼里，帮皇帝处理掉杨复恭纯粹是为了获取更大的利益，杨复恭死后，昭宗同藩镇的关系立即变得紧张起来，因为昭宗想收回本来就属于皇帝的朝政大权，而藩镇则是一个巨大的障碍，很快，昭宗便与大同军节度使李克用之间爆发了矛盾，最后在朝臣的鼓动下，昭宗下诏讨伐李克用，结果王师被李克用大败，朝廷从此颜面扫地，在藩镇面前彻底失去了威望。
陇西郡王李茂贞更是看透了昭宗，他心里不免生出了取而代之的想法，景福二年(公元893年)七月，李茂贞直接写信嘲笑昭宗的软弱无能，昭宗的自尊心受到了极大的冲击，他不顾朝臣的反对，兴兵讨伐李茂贞，结果就跟讨伐李克用一样，王师再次大败，李茂贞直接领兵进京，问罪昭宗。
独眼龙李克用
这次兵谏让昭宗大为恐慌，群臣手足无措，最后宰相杜让能站出来，声称此事是他一手主张，与昭宗无关，杜让能一死谢罪替昭宗化解了这次危机。李茂贞大摇大摆地在皇宫转了一圈，昭宗气的浑身发抖却无可奈何。经此一事，朝中大臣也疏远了昭宗，昭宗成了孤家寡人。
