公元1636年，农民军展开了轰轰烈烈的起义，而当时大明朝却无人可用。在危急关头，孙传庭挺身而出，毛遂自荐，得以成为陕西巡抚，一方封疆大吏。之后，孙传庭建立了秦军，跟闯王高迎祥在陕西打了一场割据战，高迎祥见久攻不下，有些急躁，便派兵准备绕路前往西安。此计被孙传庭所识破，他率兵埋伏高迎祥，最终大败农民军，高迎祥也被送往北京进行处决。此战令孙传庭名声大噪，也让起义军有了一位新的首领那就是闯王李自成。
这一下，李自成也跟孙传庭有了恩怨，公元1638年时，孙传庭更是以逸待劳，采用分兵堵截的战术大败马进忠等人。之后，他跟洪承畴联合，在潼关南园地区设下了一个陷阱，等待着前来支援的李自成的落网。最终，李自成果然上当，经过一场激烈的厮杀，李自成最终率领着18骑兵仓皇逃窜。孙传庭本想乘胜追击，一举灭亡农民军，却无奈，清军大军压境，已经攻入了长城，孙传庭以及洪辰畴二人只好火速回京，抵御清军，而这也给了李自成休养生息的时间。若是清军再晚来几日，李自成多半也要步高迎祥后路，成为刀下死鬼。
二人回京后，孙传庭却受到了不公平的待遇，原因是主和派杨嗣昌跟孙传庭十分不和。于是当时洪辰畴入京面圣，大受嘉奖，而孙传庭却被下令禁止入京。论功劳，孙传庭是要大于洪辰畴的，这种做法自然令他不满。公元1639年时，朝廷调任孙传庭为保定山东河南等地的总督，按理说如此大官，出任前应该面圣。可受到杨嗣昌的影响，崇祯帝却并不愿意见孙传庭，孙传庭一气之下，就选择了借病休假，不想再继续为官。
