杨嗣昌却是意图赶尽杀绝，他把孙传庭装病一事上报给了崇祯帝，崇祯帝大怒，将孙传庭抓入牢中，贬为平民。而此时，孙传庭的手下败将李自成却过得无比滋润，因为当时河南有旱灾，史书记载："饥民唯恐自成不止"。可见，在当时河南百姓心中，朝廷已经失去了威严，而李自成才是他们值得信任的对象，俗话说得民心者得天下，明朝的失败从此处便可见一斑。
公元1642年时，李自成拥兵数十万，卷土而来，围困开封。崇祯帝惊恐万分，连忙将孙传庭释放，希望他能挽救局面。当时几经周转，孙传庭在陕西站稳了脚，手下培养出了一干精兵，但可惜人数过少，军中多数还是新兵，还需时间来培养。不过崇祯帝却焦躁无比，他屡次下令催促孙传庭出兵，无奈之下，孙传庭只能听命。按人数而言，当时农民军远强于孙传庭部，不过孙传庭却通过智慧，打了一场胜仗，却因天气原因，无法继续追击。而就在孙传庭率部休整时，农民军再度袭来，凭借着人多势众，大败孙传庭，将其赶至陕西，史称："柿园之役"。
公元1643年，李自成攻破潼关，孙传庭也被其用十万大军围攻，最终不敌，战死沙场，死时51岁。值得一提的是，孙传庭死后，崇祯帝却昏庸的认为他是潜逃，有诈死叛敌的可能，所以没有给孙传庭任何赠荫。而待到乾隆登基后，这位满清的皇帝，却被孙传庭这个汉人的忠贞所感，追封其谥号为忠靖，这不得不说是一种讽刺。
