在众多武将当中，秦叔宝的战功很高，但是他在凌烟阁当中的排名并不高。出现这种情况，就是因为玄武门之变。在玄武门之变发生前，李建成和李世民都拉拢过秦叔宝，但是都被秦叔宝拒绝了。在夺嫡的时候，秦叔宝一直处于中立位置。面对李世民和李建成争抢皇位，秦叔宝始终没有表态。在李世民成为皇帝之后，秦叔宝就开始生病了。
李世民登基之后，秦叔宝的病几乎就没有好过。至于生病原因，也无人能够反驳。因为秦叔宝说在作战的时候，遭遇过太多伤，身体失去的血量太多，从而导致经常生病。对于装病的秦叔宝，就是唐太宗也无可奈何。秦叔宝生病，李世民必定需要派人慰问。秦叔宝在太医走后，就让家人把药倒了，没有病，何必要吃药呢。
在玄武门之变的时候，秦叔宝保持了中立。虽然皇帝很不满，但是秦琼始终生病，并不出来炫耀，对于李世民的统治并没有影响。虽然没有影响，但是也没有什么功劳。秦琼的功劳都体现在李渊时期，李渊给秦叔宝很多赏赐，秦叔宝也更忠于李渊。在李世民心中，秦叔宝是"前朝旧臣"。旧臣不惹事，让李世民也很是放心。在秦叔宝死后，还让秦叔宝葬于昭陵当中。
