此后，马惠妃经历了万历、泰昌、天启三朝的半个多世纪的时间，直到崇祯年间，马氏依旧健在。马惠妃最后一次出现在史料上则是崇祯十三年的一段记载，根据崇祯帝《思陵典礼记》一书记载，"光庙在御未久，宫中间缺御容坐酒，十三年庚辰九月十二日，恭祖御容，穆庙惠妃具起顶冠鞠衣，不跪不叩头，行八拜礼"。记载中提到的"光庙''即光宗，''穆庙''惠妃即明穆宗遗孀马惠妃。明光宗是明神宗之子，明穆宗之孙，论辈分，祖母辈分的马惠妃比他高两辈，所以不跪不叩头。崇祯十三年时，马惠妃已经是一位八十六七岁的老妇了 ，却还能够参加祭奠明光宗的仪式上，说明这位老太妃的身体状况应该还不错，起码算得上行动自如。
从隆庆四年入宫到崇祯十三年，马惠妃已经在明宫之中居住了七十二年之久了，更为恐怖的是，这七十二年时间中，有七十年时间是在守寡。七十年的孀居守寡，让一个十八九岁的花样少女变成了一个发苍齿摇的垂垂老妪。
参加完明光宗的这次祭奠仪式后，年迈的马惠妃又活了四年时间，直到崇祯十七年时，以九十岁高龄辞世。此时不要说是明穆宗的嫔妃，就连穆宗的儿子明神宗的嫔妃也早已全都去世。而就在马氏病逝的半年后，闯王李自成的军队攻陷北京，崇祯皇帝在煤山自缢身亡，明朝覆灭，明宫之中的后妃们死的死，逃的逃，失踪的失踪，还有一些则被大顺军掳走，受尽了侮辱。死在明朝亡国前半年的马惠妃幸运的躲过了明末的亡国动乱。就这一点而言，似乎一生不幸的马惠妃得到了善终。
