明洪武三十一年（1398年），明太祖朱元璋于应天府崩殂，遂启用地宫与马皇后合葬。至明永乐十一年（1413年）建成“大明孝陵神功圣德碑”，整个孝陵建成，历时长达30余年。孝陵原是开善寺宝公塔遗址。开善寺是南朝梁武帝为宝志禅师所建。宝志法师就是济公的原型。 独龙阜是个风水极好的地点。当年为了建造孝陵，宝公塔被移走，塔内宝志法师的金身端坐在一口缸内，“指爪绕身数匝”，多少人都搬不动。朱元璋亲自焚香祷告，许建灵谷寺安放大师金身，方得以开工。
后来也有人表示这是朱元璋的趁坡下驴，因为孙权墓所在地区恰好是南京梅花山一带，这一带由于岩石坚硬实在难以开凿，唯一选择只有绕道。这种观念有很多人接受，不过按照朱元璋的脾气，要是朱元璋牛脾气上来了，非要铲平了孙权墓，当年一个偏安政权都能开掘的一个地方，拥有大一统国家且能力手腕极为强悍的朱元璋，要是下了决心一定铲平它，那怎么可能掘不开呢。
