大清王朝灭掉了绍武朝廷，意味着南明王朝的内战结束，随后大清向仅存的永历朝廷进攻，永历朝廷不得不放弃广东，继续逃往广西和云南一带。
永历朝廷是南明四个朝廷当中延续时间最长的一个，从公元1646年到公元1662年，皆因永历朝廷有大西余部李定国和孙可望等人的支援，他们同仇敌忾，把清朝视为共同敌人，在西南一带坚持抗清。
但是实力终究悬殊，公元1661年，清军攻占广西全境，永历帝朱由榔逃入缅甸，请求昔日明朝的藩属国缅甸东吁王朝的保护，但是不久之后就被缅甸东吁王朝国王莽白出卖而献给清军，这就是著名的"咒水之难"，次年永历帝朱由榔被清朝处死，南明至此覆灭。
综上所述，原本南明的总体实力就比清朝弱小，但是唐王朱聿鐭和桂王朱由榔两位明朝藩王分别称帝，建立绍武朝廷和永历朝廷，为了争夺明朝正统皇位而发生内战，严重削弱了南明的总体实力，是南明短短十多年里最荒唐的一幕。
