与此同时，正在广东肇庆的朱由榔及其他南明大臣，听到朱聿鐭称帝的消息后非常愤怒，声称朱聿鐭的皇位不合法，朱由榔随即登基称帝，年号永历，建立永历朝廷。
朱由榔是明显帝朱翊钧的孙子，第一代桂王朱常瀛第四子，朱常瀛是明显帝的第七子，明朝覆灭后，他随父亲及其他家人一同南逃，期间父亲病死，长子和次子早亡，由三子朱由承袭桂王，隆武朝廷建立后不久，朱由病死，他继承第三代桂王。
就这样，外患清朝还没解除，同为明朝幸存势力的绍武朝廷和永历朝廷，因为争夺明朝皇位正统而发生内战。
绍武朝廷和永历朝廷的实力大致相当，前者略占上风，但是清军率先进攻离自己更近的广州，即绍武朝廷，结果才建立一个多月，绍武朝廷就在比自己不知道强多少倍的大清王朝所灭。
