自拖拖被逐杀以后，元惠宗彻底堕落，他受哈麻蛊惑，声色犬马，沉溺藏密，修炼所谓"男女双修之术"。
后来又有宦官朴不哈作乱，元惠宗与太子艾由识理达腊，互相对立，斗得不亦乐乎，因此元惠宗无法有效控制政局，而在外的各行省将领，各行其是，不听朝廷统一指挥，这一切给朱元璋提供了巩固其地位的机会。
1368年初，朱元璋在应天府建立明帝国，统一中国南方，下令北伐，徐达率军逼近大都，初秋，元惠宗半夜开大都的健德门北奔，率太子艾由识理答腊、后妃、臣僚等逃离大都，徐达率明军从大都的齐化门攻城而入，元帝国正式退出中原，回到蒙古草原，改为北元帝国。
元惠宗到达上都（今内蒙古多伦），1369年，明军逼近上都，元惠宗又逃离上都，到达应昌，明将常遇春率军攻克上都。
元惠宗在上都和应昌，曾两次组织兵力试图收复大都，但都被明军击败。1370年，元惠宗在应昌去世，年五十一岁。
