元惠宗命官府加以赈济，并颁诏罪己，1349年，又重新起用拖拖为中书右丞相，希冀挽回元的颓势，但是，天欲灭元，非人力所能挽回也。
由天灾引发的后遗症困扰元廷，首先是由河患引发的严重财政危机，漕运、盐税锐减，朝廷财政收入下跌，国库渐虚；其次是河患导致社会动荡不安。
1350年，国内发生通货膨胀，民不聊生，加上为了治水，加重了徭役，更令民众无法忍受。
1351年四月，诏命贾鲁为工部尚书、任总治河防使，征发民工十五万，军士二万，兴役治理黄河。
当时，朝廷腐败，大批蒙古贵族抢占土地、苛捐杂税名目繁多，国势日趋疲弱，加之连年灾荒，走投无路的贫苦农民，在北方白莲教首领韩山童及其教友刘福通的号令下，揭竿而起，他们头裹红巾，打出"虎贲三千，直抵幽燕之地；龙飞九五，重开大宋之天"的旗帜，向蒙古官僚地主发动了猛烈攻击，对蒙元朝廷的统治产生了巨大的冲击，最终致使其在中原的统治土崩瓦解。
