尽管永昭陵刚修建好的时候非常地宏伟，但是经历了这么多年的岁月洗礼，再加上世事的变迁，使得这些建筑或多或少受到了不同程度的破坏。
从史书的记载中可以看出，在南宋的时候，永昭陵就已经被破坏得很严重了，当时有个叫做郑刚中的官员路过这里，他眼中看到的永昭陵已经是满目疮痍了。当时除了陵台没有被盗之外，其余都受到了盗墓贼的破坏，这地下的文物几乎都被毁坏了，这是文物界的一大遗憾。
有很长的一段时间，永昭陵被废弃于一片菜地之中，完全看不出昔日的繁华，在1963年的时候，永昭陵才被定为了重点文物保护单位，1993年的时候国家才制定了对其进行抢修保护的文件。
