史可法认为高杰是起义军出来的，是草寇出身，不愿意认这个干儿子。李成栋听说此事后，心中郁结难平，他觉得朝廷重臣们还是歧视他们这些从起义军出来的人。正在此时，清军南下，南明兵败如山倒，拥有几十万大军的江北防线，因为轻敌，迅速崩溃了。而觉得自己被人瞧不起的李成栋，憋了一口气，干脆降清了。
李成栋成为清军将领以后，就带着军队不断镇压江南反清的起义军与人民群众。他还参与了最有名的嘉定三屠。因为李成栋的弟弟在一次行军中被抗清义军袭击而死，嘉定城破后，李成栋纵容士兵们四处抢劫、杀掠，并见人就喊"快快献出宝物"，然后随手砍一刀，逼被砍人献出财物，如果献出的财物不多，就再砍三刀。这场持续一整天的屠杀，大约有三万多人遇害。
除了嘉定屠城，南明两个政权的覆灭都与李成栋有关。南宁的第二个皇帝被李成栋的部下乱箭射死。南明的第三个皇帝被李成栋的部下生擒，而后自杀身亡。至此，李成栋成为了不折不扣的大清忠臣，明军克星。他也希望自己能够成为封疆大吏，而不是被清朝歧视。可是他辛辛苦苦为清朝打天下，却还是无法获得清朝的信任。
被清朝歧视，不得上位
李成栋攻陷广州之后，以为自己可以出任两广总督。可清朝政府却派了佟养甲上任。佟家是辽东富商，是努尔哈赤最早的支持者之一。所以尽管佟养甲没有什么大的功绩，也仍旧可以位居高位，狠狠压李成栋一头，李成栋又奈何不得他。
