而在准噶尔部发展起来之后，他们更是和沙俄沆瀣一气，意图从北部和西北部对大清施压，在分裂西域的基础上压缩清廷的影响范围。准噶尔东侵和沙俄的南下，使得喀尔喀蒙古各部危机重重，他们只能选择归顺更加友好的清朝，成为清朝的一部分。
在清朝和沙俄先后签订《尼布楚条约》和《恰克图条约》之后，双方基本划定了东北和中部的边界，双方的争夺重点开始集中于西域地区。此后，趁着准噶尔汗国内部爆发天灾、民不聊生之际，乾隆迅速出兵彻底消灭准噶尔部，征服天山南北，将其统治区域彻底纳入治下。
喀尔喀归顺、准噶尔被灭
在明朝时期，蒙古的北方还没有出现俄罗斯这样的巨大威胁，他们的主要威胁仍然来自于南部的明朝，一旦不敌明廷，他们完全可以向北撤退，一直撤到明朝根本无法、无力打击为止。而自从俄罗斯东扩之后，蒙古中部的喀尔喀部面对压力只能选择投靠更加友好的清廷，而西北的准噶尔部和沙俄之间也很难说究竟谁利用了谁，敌对的他们最终也被清廷所消灭。
