对于蒙古诸部来说，虽然他们元朝已经完蛋，且各部已经基本处于分裂态势，但黄金家族的后裔和有为的蒙古贵族却并没有忘记祖先的荣耀，仍然想要恢复曾经的辉煌，虚弱时期自然蛰伏于草原，可一旦强大起来便有南下的趋势，双方自然也就一直处于水火不容的状态。
清朝则不同，寻求更多的入关机会和确保侧方、后方安全，从皇太极时期开始便对蒙古采取积极拉拢的政策，且采取的方式便是和亲，清朝皇帝的后宫嫔妃中便多有蒙古女子，而同样多有满清宗室女子嫁给蒙古贵族。双方以和亲为基础，建立了较为友好的关系，而这种关系在之后的时期中，同样得到了较好的贯彻。
入关之前清廷便已经和蒙古保持了友好
同样，蒙古方面的情况也有所不同，在库图克图汗被清廷赶走并最终病逝，孛儿只斤·额尔孔果洛额哲献传国玉玺投降开始，蒙古黄金家族便彻底失去了对草原的统治，除了康熙时期的准噶尔部之外，其他蒙古对于恢复祖先荣耀已经无从谈起，如此一来对清廷的敌视态度便也有所下降。
根源上的敌视和友好，再加上明朝和清朝不同的民族政策，以及蒙古诸部的现实情况，这是造成明朝和蒙古天然敌视，而清朝和蒙古则天然友好的主要原因。
