最后吴三桂面对康熙帝派来的大军，他自知没有足够实力敌过清廷。在吴三桂自知必死的情况下，他为了能让自己的后人免遭屠杀，就下了一道命密令，让自己的儿子吴应麟一脉带着爱妾陈圆圆悄悄溜走，逃亡贵州山区一带，隐名埋姓秘密隐居。与此同时，吴三桂传位给自己的孙子吴世璠，自己则是没过多久就病逝了。后来双方形势的发展果然如他所料，清军顺利地平定吴三桂的叛乱，吴氏被诛九族。清廷对于吴三桂的反叛也是非常痛恨，对他的尸体也不客气，将他的尸体挖出来"剉其尸骨，传示各省"。
而逃出来的吴家的后人，遵照吴三桂的命令，都隐居在贵州的一个叫马家寨的小地方。在此后的生活中，当地人谁也不知道他们是吴三桂的后人，直到后来清朝灭亡，到了现代社会才逐渐被人知晓。可以说吴三桂的一道命密令，让其吴氏子孙逃避清朝追杀，使后代存活200余年！如今吴三桂的家族已经传到第十代，每一代都有一个秘传人，现在的族长叫吴永鹏。后来此事也经过有关清史专家的调查，确认吴永鹏是吴三桂的后人。而最后我们要说吴三桂当初的自知之明，的确保住了自己的爱妾和让自己后代得以延续，也算是难得的明智之举了。
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