刘知几认为"斯则典校无缺，属辞有所矣"本就指参考资料并不缺乏，撰写著作都有根据。因此，东观郎王崇就著有一部《蜀史》。不光如此，陈寿的老师谯周也著有一部《蜀本纪》，要说蜀汉没有史官和参考史书显然并不是事实。刘知几还专门以此批评陈寿对诸葛亮辅政的政策十分误导后人，有"抹黑"的嫌疑。今天应该指出陈寿的确是在撰写《三国志》过程中做了一些手脚，煞费苦心，但要说他刻意贬低诸葛亮和蜀汉历史，其实也同样"不公正"。
陈寿著《三国志》也属于私人修史，由于他所处时代关系复杂，历史与现实问题纠缠在一起，陈寿在曲折反映历史方面下了很大功夫。《三国志》对汉魏关系相当隐讳，例如刘备明明号称继承汉室基业，国号是汉，但陈寿不得不出于现实改成"蜀"，以此造成千百年来对历史真实形成偏差。许多后人都受《三国志》误导以为是魏蜀吴三国，从史学角度而言并非这样，对后世的影响确实不够客观，这一改变也是最让人无法接受的，可出于陈寿的时代背景，也同样显得情有可原。
二、《三国志》存在的种种史学问题
后世认为陈寿在《三国志》中表现的史实态度问题非常多，如房玄龄等撰写《晋书·陈寿传》，一方面承认他"善叙事，有良史之才"，另一方面认为陈寿的偏见在书中经常有所表现。举例说："丁仪、丁廙有盛名于魏，寿谓其子曰：可觅千斛米见与，当为尊公作佳传。丁不与之，竟不为立传。寿父为马谡参军，谡为诸葛亮所诛，寿父亦坐被髡，诸葛瞻又轻寿。寿为亮立传，谓亮将略非长，无应敌之才；言瞻惟工书，名过其实。议者以此少之。"
清朝史学家赵翼在《二十二史札记》中对史书的回护传统进行了总结分析，也认为陈寿显得不够客观，有些地方还让人觉得不可思议。他指出如汉献帝逊位之后，魏封其为山阳公，到他死时才追谥为献帝，陈寿隐去曹王篡汉封山阳公一节，在《魏纪》中只称汉献帝。同样常道乡公逊位，为陈留王，到死时才追谥为元帝，陈寿也为之讳隐掩饰。司马师废齐王芳，《魏略》记载:"(司马)师遣郭一芝入宫，太后方与帝对弈，芝奏日:'大将军欲废陛下。'帝乃起去，太后不悦。芝曰:'大将军意已定，太后但当顺旨。'太后曰:'我欲见大将军。'芝曰:'大将军何可见邪。'太后乃付以玺缓。'是齐王之废，全出于司马师之主意，太后全然不知。陈寿《魏纪》"反载太后之命，极言齐王无道不孝，以见其当废，其诬齐王而党司马氏亦太甚关。'如此等等。"
