然而到了景泰八年（1457年）代宗突然病重，卧床不起。朱祁镇认为自己的机会来了。于是，在石亨和曹吉祥、徐有贞的支持之下，朱祁镇作为太上皇重新坐上了皇帝的位置。而于谦等其他的官员则被捕入狱。
很快，石亨等人以谋反的罪名，判处于谦等人死刑。在下达"罪名"的时候，英宗还是有一丝的犹豫，于谦确实对整个大明王朝有着不小的功绩。但是手下的人说到，如果不诛杀于谦，复辟的事情就难以达成了。最终英宗下令判处于谦死刑。
一代忠臣，就这样含冤而死。在于谦死后，官员们来到于谦的家中抄家，看到家中的情形无不掩面痛苦。在于谦的家中，没有多余的钱财。只有一个装有朱祁钰御赐的蟒袍和剑器，家中的各种设施也平淡简朴。就连曾经行刑的刽子手，也认为自己愧对良心，寝食难安，最终只好自刎谢罪。
身为国之重臣，于谦从来没有计较过自己的得失，一生清廉，只留有两袖清风和一腔热血。
