正因为这样，明军耽误了行程，被瓦剌大军追上，将英宗围困至土木堡，还活捉了英宗，王振也被樊忠杀死。英宗被俘之后，由其同父异母的弟弟郕王朱祁钰监国。此时的于谦，身为朝廷重臣，一手把持着朝政，在郕王拿不定主意的时候，带领着群臣，抵挡住了瓦剌对于京师的进攻。
外敌虽然被赶走了，但是国家不可以一日无主，于是在于谦的扶持之下，郕王朱祁钰登上了皇位，是为明代宗。作为一个"临危受命"的皇帝，明代宗很了解于谦，大多数的政令都听从于谦的建议。这样也遭到了很多人的嫉妒，于是纷纷上奏弹劾于谦，但是明代宗每次都能够力排众议，任用于谦，这也使得于谦得以真正的施展自己的才华。
在明代宗登基一年之后，北方的瓦剌看到无法再从英宗身上得到好处，于是主动将朱祁镇放了回去。然而此时的代宗已经登基，自然是不会再把皇位让给英宗。就这样，明代宗将朱祁镇软禁在了南宫内，长达七年。在此期间，于谦一直辅佐着明代宗，治理国政。
