明末熊廷弼颇有将才，一度使辽东的努尔哈赤不敢轻举妄动，但熊廷弼是个粗人，处事不细，以致得罪了东林党内阁被撤换，而改由东林党人袁应泰顶替他。袁应泰只是个水利专家，根本不懂打仗，结果辽东多地失陷。
崇祯上吊后，南明弘光政权仓皇成立，东林党人依然对党争乐此不疲，而不思如何抵抗清军，乃至搞起内讧，两败俱伤，最终被清军所灭。
纷乱不断的党争、朝政紊乱、用人不济、国库空虚是明王朝走向灭亡的一个重要原因，东林党在其中扮演着十分负面、祸国殃民的角色。清末能臣李鸿章非常讨厌"遇事弹纠，放言高论"的言官，直说他们小事不放过，大事也阻挠，为的就是自己的利益。这话虽然有些过激，但从一个侧面可以看出明朝东林党所起的坏作用。
