夺回大权后，在群臣的拥戴下，两宫太后开始以"垂帘听政"方式参与朝政。圣母皇太后（慈禧）本来就权力欲极强，之前在咸丰帝的默许下，多少也有一些治国的才干，自然是很快进入了"听政"角色，从此牢牢把持权力，长达四十七年。母后皇太后（慈安）则内敛低调、超脱恬静，对于权力并不是看的很重，她的心思主要是在小皇帝身上。所以两宫太后很快形成了圣母皇太后主持庶务、母后皇太后最终决断的局面。史称："东宫优于德，而大诛赏大举措实主之；西宫优于才，而判阅奏章，及召对时咨访利弊"。
母后皇太后为咸丰帝中宫皇后、地位尊贵；圣母皇太后只是咸丰帝妃子，因为是同治帝生母，才得以被尊为太后。嫡庶有分，地位有别，所以在两宫太后共同垂帘的二十年内，朝廷最高权力其实一直是掌握在母后皇太后手中。
母后皇太后超脱低调，平日里不喜欢处理政务，日常庶务都交由圣母皇太后处置。这一方面满足了慈禧的权力欲和虚荣心，另一方面慈安自己也得以轻松自在。但只要是朝廷军国大事，慈禧都不敢自专，一定要事先征询慈安的意见，因为她知道，朝臣们真正服从的，还是母后皇太后这个中宫皇后、皇帝嫡母。
自咸丰十一年（1861年）两宫垂帘，至光绪七年（1881年）慈安去世。二十年里，处置朝政的基本上是圣母皇太后。但是在一些大事上，母后皇太后行事果断、极有主见，深为诸臣所钦佩。例如诛杀临阵脱逃的两江总督何桂清、赐死骄奢跋扈的陕西军务督办胜保、定曾国藩、左宗棠、李鸿章平定太平天国之功并赐显爵，这些事情都是出自慈安的最终决断。
