以肃顺为首的顾命大臣们日渐跋扈、步步紧逼，使得两宫太后即愤怒又忧虑。为了不至于大权旁落，她们秘密联络了在京师的恭亲王奕?，在其赴热河为咸丰帝奔丧的时候，暗中筹划，推翻咸丰帝生前的朝政安排，准备拿下诸顾命大臣，取回施政大权。
咸丰十一年（1861年）九月二十三，在咸丰帝灵柩自避暑山庄启程返回北京途中。两宫太后借口皇帝年幼经不起旅途劳顿，故意安排肃顺单独奉灵柩后行，两宫太后带着小皇帝及其余七位顾命大臣提前回京，以此隔断各顾命大臣之间关联。
九月二十九，抵京后的两宫太后立即联手恭亲王奕?，颁布谕旨，以专横把持国政、隔绝内外、跋扈无礼、大不敬等罪名将载垣、端华拿捕至宗人府，罢穆荫、匡源、杜翰、焦祐瀛等人军机之职。只有额驸景寿一人，因为人忠厚、处事恭顺，并无擅权跋扈罪状，得以平安无事。
九月三十，醇郡王奕譞率侍卫将肃顺在密云逮捕。两宫太后联合恭亲王奕?发动的政变至此大获全胜，因当年阴历为辛酉年，所以史称"辛酉政变"。
