此外，第二轮的建设名单也未对一流大学建设高校和一流学科建设高校进行区分。针对这一情况，教育部有关负责人指出，从首轮建设情况看，一些建设高校对"双一流"建设坚持特色发展、差异化发展的理解还不到位，仍把"一流大学建设高校"和"一流学科建设高校"作为身份和层次追求，存在扩张规模、追逐升级的冲动。"'双一流'重点在'建设'，学科为基础，而不是人为划定身份、层次，派发'帽子'，更不是在中国高校中划分'三六九等'。"
16个专业被警示
而在具体的学校和学科方面，第二轮"双一流"建设中相比首轮均出现一定变化。对此，相关负责人表示，在确定第二轮建设范围时，并没有进行大进大出的调整。"首轮'双一流'建设整体布局已形成服务国家重大战略的一流大学和一流学科建设基本体系，保持建设范围的总体稳定，有利于建设高校和建设学科保持定力、持续投入、汇聚力量、沉淀成果，持续发挥支撑一流大学体系建设的作用。"
在布局调整方面，第二轮建设将以党中央、国务院确定的"十四五"期间国家战略急需领域作为指引调整建设学科的指南，对拟建设学科的匹配度、水平和发展质量等进行综合考查，尤其是加大基础学科、理工农医和哲学社会科学学科布局。
值得一提的是，除了公布第二轮"双一流"建设高校及建设学科名单，三部委还同期披露了给予公开警示（含撤销）的首轮建设学科名单。具体来看，共包含15所高校的16个专业。其中，东北师范大学的数学学科和上海财经大学的统计学学科被予以撤销，根据学科建设情况，前者被调整为"教育学"，后者被调整为"应用经济学"。同时，其他13所高校的14个专业被给予公开警示。
