鉴于王敦家族根枝过广，王导、王舒等人也为平叛立下了汗马功劳，在动乱骨干陆续被诛杀后，司马绍下令不再追究王敦其他下属的责任，有效安抚了王氏的疑虑。
紧接着，他大刀阔斧调整长江中游重镇的将领，任命应詹为江州刺史、刘遐为徐州刺史、陶侃为荆州刺史、王舒为湘州刺史，避免再度出现某个家族尾大不掉的局面，有效加强了皇权。
正当司马绍要大展拳脚之际，仅仅一年之后，他就因病重去世，享年二十七岁，谥号晋明帝。其后的几十年间，东晋一直处于门阀世家与司马氏共同掌权的局面，王、桓、谢等家族你方唱罢我登场，北伐毫无建树、内耗却时常上演，东晋朝廷就按照安而复危、危而复安的狗血剧本苟延残喘，直到出身草根的刘裕横空出世，才终结了这一局面。
通过司马睿、司马绍父子应对王敦的不同表现，我们可以形成这样的结论：东晋王朝并非不可救药，关键还是看在位者怎么识人用人。可惜这些措施无法制度化，那些像样的司马氏皇帝陆续英年早逝，东晋朝廷缺乏持续而高效的中央集权，最终浑浑噩噩、内耗而死。
