到了清代，虽然，有满、汉文化之争，但是，清朝的统治者为了笼络广大汉人，以加强自己的统治，他们依旧对明孝陵尊敬有加，实施保护政策。一六四五年五月，满、汉交替之际，江南平定之后，清朝豫亲王多铎进驻南京城，差遣数百工匠将整个明孝陵重新修葺。同年七月，多铎又派遣四十余名官员来到明孝陵专门为其守陵。
康熙即位后，他多次南巡，每每到达南京之时，一定会亲自前往明孝陵祭拜，"从甬道旁边经过，所有的人皆在陵墓外下马，步行而入，大臣们行三跪九拜之礼，在埋葬帝后的宝城前诚心跪拜，礼成之后，又从旁边的甬道走出。康熙亲自赏赐所有的守陵人，且在陵园之中禁止樵采，下令让当地的官员严加巡查。"
康熙的态度恭敬，礼数周全，出乎所有汉人的意料，当地的父老乡亲数万人，无不感动到哭泣。数十年后，太平天国的战火波及到南京，差点让明孝陵毁于一旦，但是，到了同治年间，曾国藩奉命着手修复明孝陵，足以见得，清政府对明朝开国皇帝寝陵的重视。一直到了民国，孙中山带着南京官员共同祭拜明孝陵，其重视程度也是不言而喻。
到了今天，在经历了六百余年的战火纷飞之后，围墙的墙体只出现了局部的坍塌和墙面红漆的零星剥落，个别地方也因为地基下沉而出现了裂缝，除此之外，并无任何破损。不仅如此，地宫之中的宝物不像其他皇帝寝陵一样被盗。难以想象，南京城在六百多年的时间里，甚至，经历了大屠杀时期日军，对南京宝物掘地三尺的寻找，明孝陵地宫却依旧保存完整。
