这样一个外来人，晋明帝把他安排为兖州刺史不是没有目的的——目的就是荆州的王敦。而门阀们对于晋明帝这一行为竟予以理解，对于郗鉴出任的事表示默许。
可王敦不干啊！
本来按理来说，王敦到了这个地步更应该长远计量，但果断选择了另一条道路：狗急跳墙。不是他不想从长计议，而是他此时年事已高，又身患疾病，他担心再这样拖下去，自己恐怕就真的不能实现自己的愿望了。
王敦起兵后，本以为昔日门阀士族能够再次站在他这一边，没想到他彻底错了——
这一次，东晋门阀无一例外地，站在了司马绍那边。之前司马睿召集四方军队来京城护驾，无人响应；而司马绍抵御王敦，无论向哪方下令，完全没有违抗耽误者，全都火速率军来建康救驾！
这天壤地别的态度转变，难道真的只是因为司马绍和门阀们关系打好了吗？
并不是。
这整场王敦之乱，看似是晋明帝需要士族，其实真相是——士族需要晋明帝。
对于他们来说，晋朝皇帝权势的大小并无所谓，但起码得有一个晋朝皇帝。因为一旦没有晋朝皇帝，那么门阀之间原本的平衡会被彻底打破——要是让王敦这样的实力派重建一个国家，权力还能到自己手上吗？
之所以之前帮助王敦，是因为王敦所攻击的司马睿正在损害他们的利益；而这一次帮助司马绍，是因为王敦正在试图打垮他们赖以生存的政治基础。
很快，朝中丞相王导也主动帮助晋明帝，他和王敦是堂兄弟，于是他带着琅琊王氏子弟公开"祭奠"王敦，做出王敦已经病死的假象，结果东晋中央军士气大增，王敦军队一溃千里，他本人也在军中病死。不久后，王敦之乱彻底平定，东晋建国之前即开始存在的最大威胁，终于解除。
王敦之乱第二次事件中坚定站在晋明帝那边的士族们，大概还以为自己这次的立场是捍卫了自己家族的利益，以及整个门阀生态的平衡——但殊不知，晋明帝才是最大的受益者——王敦被平定之后，晋明帝不再在荆州设置一家独大的武将，而是同时让应詹、刘遐、陶侃和王舒等人出任多地刺史——这相当于昔日代表门阀势力的王敦，其势力被瓜分为很多块！而再看看这些人的名字，除了王舒，其他全都是晋明帝提拔的新人！
