司马绍还是太子时，王敦就看出来了——这小子和他爹不一样，是个会成大事的人。如果以后让他来当皇帝，势必会对自己有很大威胁。于是王敦竟然到处制造舆论，想拉一些人一起上书废掉司马绍的太子位。幸好司马绍威望极高（所以年少就威望极高究竟是多么可怕的概念），朝中大臣以温峤为首全部反对，此事不了了之。
司马睿去世，而司马绍即位时，整个东晋不再像司马睿建国时那样充满戾气——刚好相反，司马绍可是在世家大族们的欢呼雀跃中上台的：司马绍早就在暗中做准备了！——当皇帝之前，他便已经开始笼络人心：所谓东晋门阀王庾桓谢，稍微有点地位的，他都去亲近接触，搞好关系；当他父亲司马睿给他提亲，提的是士族庾家的庾文君时，他当即答应。
如此一来，司马睿和司马绍之间，可谓是天差地别了。尽管司马绍上台初期手中仍然没有实权，但是整个东晋门阀生态，已经在向他这边靠拢。
而远在荆州的王敦并没有看透这一点，他仍然沉浸在昔日起兵攻入建康羞辱司马睿的喜悦中。所谓"清君侧"，是要诛杀皇帝身边的大臣，如今皇帝身边已经没了所谓的"亲信"（司马睿扶立的刘隗、刁协等全都被王敦诛杀或流放），那"清君侧"这个罪名肯定用不起了，那怎么办呢？
这个好办，把"清君侧"三个字的"侧"去掉就可以了。
王敦晚年彻底被权力的诱惑遮蔽了双眼，他坚信：如今的东晋王廷是个已经被他架空的空壳，不废吹灰之力即刻推倒重建一个姓王的新王朝！
但王敦此刻出了一个十分严重的失误——他有个侄儿叫王允之，当时还是个小孩子。某天王敦开宴会时他也在场。王敦十分喜爱这个侄儿，就让他在自己营帐中睡觉，结果后来竟然忘了王允之还在，直接就跟他的手下商议谋反的事情——全被王允之听到！王敦突然想起来营帐中有个外人，慌慌张张地就想进来杀王允之灭口。还在王允之是个聪明人，故意呕吐，装成醉得不省人事的样子，王敦见状以为王允之真是醉倒了，便没有下杀手。王允之醒后十万火急赶回去——将王敦谋反的事告诉司马绍。于是司马绍便紧急令大臣们加班加点准备防御工事；而司马睿当年之所以败，很大程度上还是败于王敦起兵的突然性，因而抗击王敦纯粹是仓促应战，不败才怪。
除了这件事，司马绍还做了另外一项准备——让一个门阀政治之外的人前去担任兖州刺史，手握重兵。
此人名叫郗鉴，身份十分特殊——他并非出身什么名门望族，他纯粹白手起家，永嘉之乱时带着流民难逃，后聚众躲在峄山；北方后赵逼近时又逃到东晋境内——跟着他的人已经达到了一千多户！
