真正能让毛葫芦兵大放异彩的战场，是在西南山地丛林之中。万历帝自1537年起发动"万历三大征"，在播州战役中，毛葫芦兵参与了平叛土司杨应龙的行动。播州在今贵州遵义一带，山高地险地形极其复杂，海拔高度在1300左右。播州东面是定军山，西面是龙岩山，周边还有湘江、乌江、仁江等山川，加上雨水的冲刷破坏，当地的交通几乎断绝。但这样的险恶环境，却是毛葫芦兵最擅长的战场。明朝兵部尚书李化龙，请求明廷调拨三千毛葫芦兵，前往川贵协助平定播州之乱。毛葫芦兵不负众望，在河南人李化龙的麾下，充分发挥自己的山地作战优势，仅在第二年就灭了杨应龙，李化龙盛赞毛葫芦兵"坚悍真可摧坚"。
始于镇压农民义军也被其终结
播州之乱被平定后，西南地区又爆发了"奢安之乱"，明廷见识到了毛葫芦兵在山地的"神奇"，再次派出毛葫芦兵前去平乱。在四川总督杜焕文的带领之下，毛葫芦兵攻破了佛图关，杀敌三千多人。随后趁热打铁向新都进发，最终击败了奢崇明，"完美"完成任务。时间来到天启七年，明廷终于掌握了毛葫芦兵的"使用方法"，得以让毛葫芦兵在川贵、陆广、威清等地屡建战功。毛葫芦兵开始有了，农民义军死敌克星的称号，所以在四方起义的崇祯年间，毛葫芦兵也是被广泛用以镇压农民义军，早期曾有"击贼于洛阳，十战皆捷"的美名。然而随着李自成的步步壮大，毛葫芦军在崇祯十年，被河南之地的农民军围困，最终全军覆没，从此从历史的舞台上消失。
