从组织纪律上看，李自成的军队是典型的流民式军队，流寇主义严重。
李自成的军队，以李自成为核心，最中心的是长期跟随他的老兵，以骑兵为主，这些人待遇最好，外围是步兵，再外围是掳掠来的青壮，最外围是裹挟而来老弱妇孺。一旦行军打仗或者攻城，首先是驱赶掳掠而来的老弱上前消耗敌人或者填平护城河，等把敌人消耗的差不多了，然后是青壮上前，接着是步兵攻击。如果战事顺利，最后的老营骑兵就一拥而上痛打落水狗，抢夺战利品，如果明军战斗力较强，就立刻一哄而散，争相逃命，只要保住最核心的精锐骑兵，用不了几天，又能通过掳掠拉起一支几十万人的队伍。
这样的典型的流民式的军队，组织形式和纪律极度松散，如果是顺风仗，就一拥而上，士气高涨，如果是逆风，就一溃而散。这种军队表面上看起来非常灵活，每次都能逃过重大打击，但是一旦到了关键时刻，流寇本质就暴露了，没有拼死一战 彻底改变战局和命运的勇气与魄力。最典型的是李自成被清军追击到襄阳，当时的驻守襄阳的闯军大将劝说李自成，襄阳地区粮食充足，城墙高厚，可以一战，可是李自成坚决不听，反而要焚毁襄阳后往江南逃命，流动作战。
流寇主义的另一个严重后果就是纪律涣散。这里的纪律涣散，指的不是闯军在战场没有纪律。如果闯军在战场上没有纪律，早就已经覆灭了。这里的纪律涣散指的是两方面，一方面是李自成手下的各个军头都以保存自己的实力为主，害怕过分受到打击损失实力，另一方面是军队劫掠成性，这也是没办法的事情，因为一只没有信仰的流寇军队，只能通过劫掠的方式来提升士气。即便是李自成，也不敢随便阻止这种行为，所以在平时逃命时还好，形势一旦好转，攻入了京朝的京师，立刻就暴露了流寇的本质，开始拷掠士绅，骚扰百姓，导致民心大失。凡拷夹百官，大抵家资万金者，过逼二三万，数稍不满，再行严比，夹打炮烙，备极惨毒，不死不休。--《明季北略》
