最终，李鸿章与丁汝昌终于忍无可忍，于9月24日午时将方伯谦以"首先退避、牵乱队伍、中撞扬威"三条大罪的名义，正法于旅顺军前。
方伯谦正法后，对于这样的"叛逃之人"广大民众无不拍手称快，方伯谦也因此在人们心中留下了丑恶的嘴脸。
但，也有人发现了其中的重重疑点。如从电请参办方伯谦，再到将方伯谦处于极刑的这段时间里，并未对方伯谦进行审讯。不经审讯便急急忙忙将方伯谦处于极刑，最重要的是，此时战争还没有结束，如此匆忙，难免不让人心生怀疑，这不明摆着就是要拿方伯谦做某些人的替罪羊么？
顺着这条思路，我们细细深究，海战中北洋水师失利，最终朝廷怪罪下来，李鸿章与丁汝昌肯定难逃其咎。那么他们就有可能为了推卸责任，在方伯谦提前脱阵中大做文章，胡编乱造出方伯谦首先退避、牵乱队伍等罪名，最终，北洋水师战败责任全在方伯谦头上，那么，李鸿章与丁汝昌自然也就没事了。
