而毛文龙击败清军之后，对袁崇焕的救援不力，自然是心中愤怒，于是和他逐渐不合。在清军撤退之后，觉得就这样回朝不好的皇太极，再次率军南下，希望能够打破僵局。而这一次，袁崇焕借助地利，成功抵御住了清军的攻击，虽然两方都损失惨重，但是清军毕竟是远道而来，没有打持久战的想法，只好撤军回去。这一战让袁崇焕再次立下了大功，名气也变得更高了。
1629年，管理军事的袁崇焕觉得毛文龙虽然很厉害，但是花的钱实在是太多了，于是希望让人去管理他的军饷，这让毛文龙觉得，他是不是被朝廷怀疑了，再加上他们一向来不合，就开始担心起自己的性命问题。不久后，他亲自前往袁崇焕的都城希望和他和谈，袁崇焕用最好的礼仪接待他，他也不推辞，这使得袁崇焕在内心里对毛文龙宣布了死刑。
而没有察觉到他的心思的毛文龙，则认为自己有功无过，于是和袁互相争吵，认为只有自己才熟悉辽东环境。这让袁崇焕很不高兴，紧接着，袁崇焕就开始列举毛文龙违法的事情，然后忽然下令，让人将他抓起来，在细数了莫须有的十二条罪状后，当场斩杀了毛文龙。在毛文龙死后，虽然军饷增加了，但是军队也失去了战斗力，因此，皇太极可以说是乐开了花，不久后就派兵再次南下，包围了北京。
而失去了海上力量，袁崇焕只好紧急回军，打退了后金军的袭击。可是在皇太极撤军之后，袁私下斩杀毛文龙的事情，却暴露无疑，而且他和清军私下和谈的事情也公之于众。在不久后，袁崇焕被捕入狱，并且以背叛和擅杀大将的罪名，凌迟处死。在后世，人们对他的说法也是众口不一。
