广德元年，仆固怀恩护送自己的女儿、女婿（回纥的可汗）返回漠北地区，宦官、监军骆奉先诬陷仆固怀恩与回纥勾结，意图不轨。仆固怀恩写了一封情真意切的奏折自辩，之后唐代宗派人去安抚。当仆固怀恩看到朝廷使者时，竟然不顾身份，抱着使者的大腿号泣，因为他太冤！
朝廷在处理这件事上并不妥当，加上仆固怀恩性格原因，一场战争不可避免。仆固怀恩在儿子被杀后，他的愤怒达到顶点，他率领麾下数百骑，引着吐蕃、回纥20多万大军入侵唐朝。不过仆固怀恩没等到复仇的哪一天，他在中途患病而死。
虽然仆固怀恩算是造反了，但唐代宗的态度非常令人疑惑，他在前后所下的诏书上，"未尝言其反"。特别是当群臣向皇帝汇报仆固怀恩病死的消息时，唐代宗竟然非常惋惜地说道"怀恩不反，为左右所误。"之后不久，仆固怀恩的侄子率领部众来降，唐朝待之如初。
仆固怀恩之乱，完全是唐朝内部倾轧的结果，他的叛乱也没有造成特别打的动荡。虽然仆固怀恩是叛臣贼子，但唐代宗依然没有取消仆固怀恩凌烟阁第一功臣的地位，反而为他感到惋惜。
