马占鳌得到消息后，一方面写信告诉马桂源，自己是身在曹营心在汉，不得已才投降清军的，请求马桂源继续领导教众抗清；另一方面又不断暗中设计，最终生擒了包括马桂源在内的13名首领。
这样在马占鳌的帮助下，左宗棠成功斩断了西北最大门宦势力的血脉。战后论功行赏，以马占鳌家族为首的河州军阀如愿当上了朝廷在西北的代理人。
随着清王朝的衰落，马家军虽然逐步实现了割据西北的目的，因为他们不是教主，而且还出卖过教主，从此失去了宗教号召力，只能依靠中央政府的才能维持统治。
抗战时，日本特工抛出建立“伊斯兰国”的诱饵时，他们之所以不为所动，根本原因就在于没有足够的合法性，而这一切都要感谢左宗棠在几十年前就给他们戴上了紧箍咒。
