但后来因为他的名声越来越大，所以就被当时的太子杨勇知道了。杨勇就派人将他劫持早自己的宫中，当了自己的谋士。但章仇太翼对他一直不看好，觉得他当不了多长时间的皇帝。后来杨勇果然被废，但因为隋文帝非常的爱惜人才，所以并没有杀死章仇太翼。
但后来不知什么原因，章仇太翼眼睛瞎了。但是这丝毫没有影响他算卦的本事，有一次隋文帝准备去仁寿宫避暑，章仇太翼知道后就拦着他说：如果你去了那么就回不来了。听到这话隋文帝非常愤怒，就说：我要是回来了就杀了你，而且还将他押入了大牢。
后来隋文帝到了仁寿宫，果然生了重病，然后就去世了。可见当时章仇太翼说的话完全应验了，而且在隋文帝临终以前他嘱咐太子杨广说：你当了皇帝以后一定要善待章仇太翼。后来杨广登基以后，也重用了章仇太翼。
