刘朝见用断绝饮食办法未能奏效，便暗中派人将他杀死，谎奏说他畏罪自杀身亡。与此同时，他还杀死了替王安经办本章和管家的宦官。在王安名下当差的宦官，全都遭受株连，个个备受毒刑，然后发配南京，白天囚禁，晚上打更。
威慑后宫，残害宫妃是魏忠贤窃夺权力的又一步骤。魏客勾吉，受宠日盛，这就不可避免地引起后妃们的不满。他们为了巩固和扩大手中的权力，便向后妃开刀。光宗宠妃赵选侍对于客魏的行为非常恼火。于是，魏忠贤便假传圣旨，逼迫赵选侍自杀。赵选侍在临死时，将光宗赐给她的首饰金珠等，列于案桌之上，西向遥拜，痛哭良久，投环自尽。光宗庄妃李氏，心地善良，待人宽厚，持重寡言，在宫中颇有威信。客魏对她放心，就勾结侍奉她的太监徐应元，让徐应元监视她的行动。徐应元有了客魏的支持，开始任意笞骂她的左右，致使她忧愤成疾而亡。熹宗裕妃张氏，性格直爽，说话失慎，触犯了客氏，结果祸从天降。恰好裕妃妊娠，得受册封之礼。客氏乘机向熹宗诬陷说她有外遇，遂将她打入冷宫，不给她饭吃，饿得她头昏眼花。有一次下雨，张氏爬至门外喝屋檐上流下的水，喝了几口后肚痛难忍，她哀哭呼号，无人理睬，遂气绝于宫门之外。看守官人回话，奏知熹宗，革去封号，按宫人死后办法，火化于净乐堂。像这样的例子还有很多。
不仅如此，他们还对熹宗的正宫张皇后下毒手。张皇后是河南祥符（今河南开封）张国纪的女儿。天启元年四月册封为皇后。张氏为人正派，对于魏客祸乱朝纲的劣迹忍无可忍，曾多次当面斥责他们二人，又召客氏欲绳之以法。因此，他们二人就把张皇后作为眼中钉。张皇后怀孕，他们买通坤宁宫的侍女，趁为皇后捶背之际，故意用力捶打，使其流产，最终导致熹宗绝嗣。他们还采用造谣言，放暗箭的手法，在宫中大造舆论，说张皇后不是张国纪的亲生女儿，而是关在大牢等待处决的大盗孙二的亲生女儿，力劝熹宗将她废掉，另立魏忠贤的侄儿魏良卿的女儿为皇后。只是由于大臣们的反对，才未能如愿。
