努尔哈赤遂于天命年间始设蒙古旗，至皇太极天聪九年（1635年）编成蒙古八旗。皇太极于天聪五年（1631年）先编一汉军旗，至崇德七年（1642年）完成汉军八旗的编制。合称八旗，统率八旗满洲、八旗蒙古、八旗汉军，至此八旗的制度臻于完善。
入关前，八旗中的正黄、镶黄两旗由汗王（皇帝）直接统领，其它6旗分别由汗王的子侄统领。顺治八年（1651年）多尔衮死，顺治帝亲政，收多尔衮所辖的正白旗归皇帝统领，于是形成了上三旗与下五旗。
清入关伊始，为加强军事防御，分别令八旗兵在京师与各地驻防，直至18世纪中叶，八旗营区终于系统地分布于全国的军事要地，实行永久性的驻扎。入关伊始，清廷即采取了大规模的"圈地"活动，圈占民人的大批良田划归旗人；豁免旗人的税赋与劳役。优惠政策造成了旗人的颓废和寄生性，致使其后代骑射荒废，甚至出现"生计"问题。
八旗制度与清政权相始终，它既是清王朝取胜的重要因素之一，也使清王朝最终走向衰败没落之路。
