2、出家为僧说。相传建文帝曾于永乐元年（1403年）避难入滇，在狮子山正续禅寺为僧，而该寺大雄宝殿门前更是有一副楹联，上书"僧为帝，帝亦为僧，数十载衣钵相传，正觉依然皇觉旧；叔负侄，侄不负叔，八千里芒鞋徒步，狮山更比燕山高"，可见书写此联者坚信建文帝曾在此为僧。而《明史纪事本末·建文逊国》中也有记载，说建文帝流落西南时曾作诗曰"阅罢楞严磬懒敲，笑看黄屋寄团瓢。南来瘴岭千层回，北望天门万里遥。款段久忘飞凤辇，袈裟新换衮龙袍。百官此日知何处？惟有群鸟早晚朝"，这首诗明显兼有皇帝和僧人的双层身份，若果真出自建文帝之手，也可证明其曾出家为僧。
3、落叶归根说。《明史纪事本末·建文逊国》有载，明英宗正统五年（1440年），建文帝朱允炆"出亡盖三十九年矣。会有同寓僧者……诣思恩知州岑瑛，大言曰，'吾建文皇帝也。'瑛大骇，闻之藩司，因系僧，并及帝，蜚章以闻，诏械入京师。"而到了京城之后，经过调查却得出了此人乃是冒充的结论，其真名叫杨行祥，但经伺候过建文帝的老太监吴亮辨认，此人正是建文帝朱允炆，"于是迎建文帝入西内"。而《万历二年十月实录》中也证实了此事的存在，虽细节不同，但大体不差。不过在《罪惟录·惠帝纪论》中，却直接认定杨行祥乃是假冒建文帝，并认为建文帝到北京之说乃是假的。
综上所述，如果三种说法为真，那么建文帝的下落大致也可梳理出来了，逃往后先是意图东山再起，但在天下已定的情况下，最终选择了出家为僧，老年之后又返回了北京。不过，这个结论目前只是停留在猜测层面，并没有直接有力的证据。
