正史的含糊其辞，使得建文帝下落之谜成为了经久不衰的话题，而民间则因此出现了各种不同的版本，主要有以下三种传说。
1、东山再起说。这种说法认为，建文帝在城破之际，并不甘心失败，因而逃出南京意图东山再起，证据便是《明史纪事本末·建文逊国》中朱允炆的一首诗，其中"遥想禁城今夜月，六宫犹望翠华临"一句明显彰显了复辟之心。侧面证据则是朱棣继位之后的大规模清洗。除了对方孝孺、齐泰、黄子澄等建文近臣的处决外，其他臣子也多有株连，例如建文旧臣茅大芳因为先写的一首诗："幽燕消息近如何？闻道将军志不磨，纵有火龙翻地轴，莫教铁马渡天河"而被满门抄斩。这种说法认为，正是由于建文帝成功逃走，且有东山再起之意，朱棣因怕建文旧臣依旧忠于旧君，所以才斩草除根。
正续禅寺中大雄宝殿门前的楹联
