然而在《补本》中，却记载道"棣遣中使出后尸于火，诡云帝尸，越八日壬申，用学士王景言，备礼葬之"。也就是说，朱棣只在火场中发现了皇后的尸体，但并未发现建文帝的尸体，只是由于形势需要而称指着皇后尸体说是建文帝，并按照学士王景的建议，将其厚葬。
《明书·建文皇帝本纪》中也记载"上入宫，忽火发，皇后马氏暴崩，程济奉上变僧服遁去。燕王遂入宫……因指烬中后骨以为上！"这个记载的更为详细，说皇后马氏死于宫中大火，而建文帝则穿着程济提供的僧服而逃走，朱棣入宫后称皇后尸体是建文帝。
由此可见，各个版本的正史中竟然出现了自焚而死和不知所踪两种记载，而根据《明史·胡濙传》的记载，朱棣曾于永乐五年（1407年）派遣胡濙"隐察建文帝安在"，可见朱棣也并不相信建文帝死于火中，因而判断建文帝应当未死，或者至少没能发现建文帝的尸体。
建文帝下落到底如何？野史版本各不相同，胡濙寻访结果不得而知
