1、三级行政制的弊端。从秦朝到西汉，朝廷普遍实行"郡-县"二级制，汉武帝时期，为了消除地方诸侯对中央的威胁，朝廷开始推行"推恩令"，这导致一级行政区大量增加，西汉末郡已经达到了103个，而县更是多大1587个。由于一级行政区大量增加，使得朝廷管理难度加大，因此汉武帝便在郡之上又设立了13个监察区，被称为13刺史部（13州），由监察刺史管理，从而初步形成三级行政制度（监察刺史只有监察权，没有兵权、财权和政权），东汉基本延续这一制度。到东汉末年，由于黄巾起义的爆发，监察刺史权力开始扩大，成为拥有兵权、财权和政权的州牧，而原本作为监察区的州则开始变成真正的行政层级，从而形成了"州-郡-县"三级制度。州牧由于大权在握，黄巾起义后逐渐脱离朝廷控制，最终导致天下大乱。
门阀士族趁黄巾之乱迅速崛起
2、门阀士族的崛起。前文说过，由于民间土地兼并的严重，掌握有大量土地的豪强开始崛起，而随着这些豪强家族成员逐渐进入朝廷，进而形成了门阀士族，这些门阀士族不仅掌握有一定全力，拥有大量土地的他们更是掌握了一定私有财权。随着黄巾起义的爆发，很多豪强为了保护自己的安全和财富，便开始私自招募兵马，逐渐形成一股独立的地方势力，并在黄巾起义之后成为割据一方的独立势力，从而脱离朝廷控制。
3、朝廷统治力丧失。黄巾起义爆发之后，由于朝廷无力平乱，为了尽快平定战事，只能将军权下放至地方，此举虽然一定程度上遏制了黄巾起义的蔓延，减缓了东汉王朝覆灭的危机。但同时也让地方官员势力大涨，尤其是本就拥有政权、军权和财权的一方州牧，更是趁机大量招募士兵，最终形成了尾大不掉之势。
正是由于这三方面因素的影响，黄巾起义虽然最终被平定，但地方势力却已经趁势崛起，中央政权再也无法有效控制地方势力，直接导致了东汉末年群雄割据、中央朝廷软弱无力的乱世局面。可以说，黄巾起义平定之后，东汉王朝已经是名存实亡，一步步走向了灭亡。
