元朝灭亡后，孛儿只斤·脱古思帖木儿率领元朝参与力量北返蒙古，此后大明为了彻底消灭北元残余势力，朱元璋多次出兵北伐，北元一退再退。捕鱼儿海之战可以说大明朝廷对北元朝廷的最后一次大规模进攻，至此北元残余主力被彻底消灭，黄金家族后裔彻底丧失了对蒙古诸部的统治。
捕鱼儿海之战经过在大明的多次进攻下，北元朝廷不断战败北撤，在此过程中，纳哈出等蒙古部落已经逐步脱离了北元朝廷的控制。"金山之役"之后，纳哈出降明，但朱元璋认为消灭这些已经相对独立的蒙古诸部意义不大，因此将目光再次定格在了脱古思帖木儿身上。
脱古思帖木儿在遭到明军多次打击，且多个蒙古部落背离自己之后，率领北元小朝廷游牧到了喀尔喀河、贝尔湖、克鲁伦河一代，托庇于此地的哈赤温后裔。
