此次战役，王保保留下的元军残余主力被彻底消灭，已故君主爱猷识理达腊的妻子、现任君主脱古思贴木儿的后妃及次子地保奴、公主等大批皇室成员和达官贵人二千九百九十九人被俘，北元小朝廷就此彻底消失。
捕鱼儿海之战，蒙元损失十万人左右。而明军的损失却是微不足道，可以说是"不费寸兵，以收其效。" 最重要的是，北元朝廷的号召力在此战后彻底丧失，蒙古各部落从此逐渐彻底分裂，并最终分裂为了鞑靼和瓦剌两大势力。
北元"主力"为何如此"不堪一击"明军此战为何能以微不足道的损失大败北元"主力"，我认为主要是由于以下三点原因造成的：
1、这支"主力"早已不复从前。北元的"主力"虽然多大十万，但实际上这支军队早已不是驰骋天下的蒙古铁骑，只不过是北元的残兵罢了。尤其是在大明多次北伐之下，这支部队遭遇了太多的战败，这支部队的战斗力已经早已不复从前。
