幸运地是黄巾军刚被扑灭，凉州又乱了，为首的还是几个汉人，马腾和韩遂等，董卓于是复起拜为中郎将，在一次追击战中，汉军被叛军包围，唯有董卓一部全身而退，事后他升任为前将军，击退了进犯关中的西凉军。在平叛的过程中，董卓不断地扩张自己的军队，手下聚集了数万善战的凉州军团，这就是他日后发家的资本。
公元188年，尾大不掉的董卓让灵帝君臣十分担心，便想将其召入京城做官以解除他的兵权，此时的董卓初次暴露出了本性，竟以各种理由推托不愿离开自己的军队。灵帝死前又任命其为并州牧，而他却带着自己西凉兵团上了路，走到河东后得知灵帝快不行了时，他立刻停住了脚步，静观时局变化。
