贞观十七年（643年）夏秋之交，李祐正式发起了叛乱。唐太宗大怒，命开国宿将李世勣率大军平叛。齐王李祐无谋无勇，根本没有任何军事经验，麾下又都是些乌合之众，基本没经严格训练。在李世勣的重兵攻击下，齐州军马很快崩溃。齐王祐被活捉后押回长安，太宗将其赐死，阴弘智等同伙44人均被处决。
齐王李祐造反案牵扯到太子承乾的心腹纥干承基，因此他也被逮捕并被判处死刑。在狱中，纥干承基为了活命，索性把太子李承乾阴谋造反的事全盘招供了出来。唐太宗做梦也没想到自己的两个儿子都要起兵造自己的反，这"现世报"让他又惊又气。他命长孙无忌、房玄龄等人亲自查案，结果纥干承基的供述属实。太宗恼羞成怒，立即颁下一道诏书，将太子贬为庶人，监禁于右领军所，终身不释，赐汉王李元昌自尽，协同作乱的侯君集等人全部斩首示众。一场策划已久的政变还没来得及实施就宣告流产了。
齐王李祐、太子李承乾之乱被平息后，魏王李泰心中暗喜，极力奉承父皇，想尽早被立为接班人。《旧唐书》记载：某日，李泰虚情假意地对太宗说："如果我有儿子，我死时一定会杀掉儿子传位给晋王（指李治，意思是兄终弟及，以免出现主少国疑的不利局面）"。太宗闻言大悦，在大臣们面前点赞李泰心胸开阔，有帝王气度。但是长孙无忌、褚遂良、房玄龄等老臣均不以为然，认为魏王一向心口不一，人前人后两张皮，主张立性格宽仁的晋王李治为储君。
