1636年左右，中原、北部和西北诸布政司都摆脱了北京的控制，各反叛首领不但与皇家军队作战，而且彼此之间也在互起冲突。最后有两位首领得以立足并消灭了其对手：李自成，原是一名羊倌，后来进入驿站而成为驿卒，他占据并统治了整个中国北方；张献忠（1606~1646年），原为延安籍的一名士兵，他控制了长江流域和四川。
从1640年起，李自成获得了一种稳定的地位。他把两名旧"举人"（在乡试中得中者）李岩和牛金星争取到了自己一边，他们为他带来了吉兆，并且直到最后仍为其出谋划策。1644年农历正月，李自成自立为大顺王，并建立了一个正规的政权。他当时拥有步兵40万和骑兵60万。三个月之后，他进入了北京，而崇祯皇帝在那里自缢于皇宫以北的煤山。此时，统率已撤退到河北与辽宁之间的山海关，以抵御满族军队的王师吴三桂将军，便与后来的人侵者相勾结，并向首都进军。
李自成从那里逃回西安，并于1645年在西安称帝。他后来继续沿着襄阳、武昌、岳阳向南撤退。最后他撤退到了湖南西南部的一座小城，在那里为两位农民所杀。农民们将其首级奉献给了追捕他的军队的指挥官。其侄李过出于孝道而用一颗草头补全其身，再葬之于罗公山脚下。当李自成在中国北方扩大其帝国的时候，张献忠则占据了江西、湖南、广东和广西的北部。就在李自成于西安称帝的同一年，张献忠也在成都自称为王。其军队于1646年被清军击溃，他本人也在其京都附近的一次战斗中被杀。
