从量刑方面来看，《秦律》虽然总体偏严，却也绝不是一刀切。比如对未成年人会适当减刑。《法律答问》有好几处出现了“小未盈六尺”字样，这是在无法确认当事人年龄的情况下，通过量身高标准来判定他是否成年。自首（秦朝称“自出”）也可以减刑，假设某人贪污了公家的财物逃亡，如果是被抓，那就按更重的盗窃罪论，但如果你肯自首，就可以只按逃亡罪论，相对来说处罚较轻。
如今我们早就习惯的有期徒刑、无期徒刑，在秦简中几乎看不到，原因也很好理解：秦朝一天到晚要么打仗，要么修建各种工程，对劳动力的需求永远都不够，不可能允许太多的违法者蹲在监狱里白吃白住不干活，所以《汉书》称秦朝“囹圄成市”（监狱多得像集市），很可能是夸张的描述。反倒是经济处罚、劳动改造和肉刑更加常见，它们也都是以不削弱受刑者的劳动能力为前提的。
经济处罚叫“赀刑”，类似罚款，以“一盾”“一甲”作为罚款标准，也就是制作一面盾牌、一套铠甲的成本，“一盾”为384钱，“一甲”为1344钱。一般适用于不严重的违法行为。
劳动改造也就是人们熟悉的罚为刑徒。官府会根据罪行的轻重等级，让违法者从事不同类别的体力劳动，由轻到重依次为“候”、“司寇”、“隶臣/隶妾”、“鬼薪/白粲”、“城旦/舂”等，刑徒正是秦朝进行各项大工程最主要的劳动力来源。
秦陵附近出土的铁钳，佩戴在刑徒身上。
肉刑分很多种，最轻的是刮掉犯人的胡子或头发，这叫“耐”或“髡”；重一些的是用竹条抽打犯人，这叫“笞”；最常见的是“黥”（刺面）、“劓”（割鼻）、“斩趾”（砍脚）。战国时齐国有一位名士淳于髡，他就是受过髡刑，造型大概类似《大秦帝国》第一部《裂变》中，墨家的邓陵子。同样是在《裂变》中，有一场重头戏是公子虔、公孙贾受刑，他俩一个被割掉鼻子，另一个被脸上刺字，正是这种肉刑的写照。
