虽说沙俄在东北的扩张损害了英美的利益，但英美还犯不上为此和沙俄一战，可是俄国人的南下却严重威胁了日本在朝鲜的利益。在屡次交涉无果的情况下，日本找到英国人给自己做后盾，与沙俄打了一架，史称"日俄战争"。最后日本竟然打赢了战争，将沙俄的势力逐出南满，之后清廷开始恢复在东北的行政体系。
鉴于东北的驻防八旗已经完全崩溃，无奈之下清廷只能任用汉人治理东北。到1907年，清朝正式废除了东北的八旗将军辖地，设立了黑龙江省、吉林省、奉天省，分别任命段芝贵、陈昭常、唐绍仪为三省巡抚，并设立东北总督一职，由徐世昌担任。至此东北地区完全落入汉人手中，而且这几个地方大员都是袁世凯的人。
武昌起义爆发后，袁世凯不愿再为清廷卖命，向隆裕太后逼宫，此时清廷对东北已经彻底失去了控制，想回去是不可能了。至于蒙古地区，清室就更去不了了。
今天许多人认为清朝时是蒙古满洲一家亲，但其实不然。虽说清朝统治者一直宣扬满蒙一家，清廷给蒙古的待遇也是很高的，但外蒙也是视清朝为异族，在今天蒙古的教科书里，将清朝描绘成满人入侵蒙古。
当然，外蒙古的清军是蒙古人自己请去的，当年漠西厄鲁特蒙古首领噶尔丹攻打喀尔喀蒙古诸部（外蒙），蒙古人陷入内战。而在那个时代，喀尔喀蒙古根本就不把厄鲁特人当作蒙古人，于是打不过噶尔丹的喀尔喀蒙古就投奔了大清。清军在赶跑了噶尔丹之后，外蒙古也被并入了清朝版图。可是到了后来外蒙就后悔了，只是无奈木已成舟，想造反已经不肯能了。
