首先，荐举制对权贵十分有利。宋朝规定从推官、判官级别低层官员升为知县级别的中层官员，需要五封推荐信。没有人脉的低层官员很难凑齐，但如果朝廷有人，五封推荐信就易如反掌。对于这个弊端，实际上并没有特别好的办法，想通过硬性规章一劳永逸的解决问题根本不可能，只能是皇帝和大臣坚持不懈的恪守原则。
其次，荐举制容易被人利用，排斥异己、勾结朋党。古代中国各个部门都是首长负责制，得罪领导一个人就是得罪系统所有人，和领导关系不好的人更难弄到推荐信。但凡事都有例外，南宋法官徐应龙违抗上司意志平反冤案，虽然顶头上司的推荐信没有了，但是许多人欣赏徐应龙的精神，推荐信纷至沓来。
第三，举贤难避亲。对任何人来说，将资源分配给同自己关系更密切的亲人都是第一选择，要求举荐避亲，既违反人性，也难免疏漏人才。和人性做斗争的制度不是好制度，于是宋太祖诏令："如有近亲，亦听内举，即于举状内具言。除官之日，仍列举主姓名。或在官贪浊不公、畏懦不理、职务废缺、处断乖违，量轻重连坐。"举贤不避亲，但需要在上任的时候注明推荐人姓名和关系，如果日后贪赃枉法，举荐人要连坐。
