再后来就是13世纪的蒙古人崛起，贝加尔湖作为蒙古最早控制区，被视为蒙古核心区域经营，占据中原的蒙古帝国宗主元朝，在当地设置直接由中央太仆寺领导的牧场。
而关于贝加尔湖归属的最大争议，即是出现在这里。蒙古帝国实在是太大了，他的领土囊括了今天的中国、俄罗斯。当14世纪末朱元璋建立明朝，推翻蒙古人在中国统治后不久的15世纪，俄罗斯人在欧洲也掀起了反蒙古运动，以"募万民合力以驱蒙古"为口号一路向东走。
明朝对蒙古人的驱逐，其实并不是很完整，1368年元惠宗北逃之后，依旧持"大元"的国号跟中原"大明"对峙，而这个对峙理论上伴随着了整个明朝一生。在跟"大明"的对峙中，蒙古人所依仗的国土，就有贝加尔湖地区，所以终整个明朝，贝加尔湖跟中原王朝都是"无缘"。
17世纪女真人崛起，它在1635年夺得"大元"的传国玉玺，灭了"大元"。1644年入关中原，趁中原内斗，一统中原，建立了中国历史上最后承认中原传承的王朝。
