42天后李自成撤离北京，摄政王多尔衮率领清兵进京，同年9月顺治帝也来到紫禁城，坐上龙椅，开始了对中国200多年的统治。
顺治皇帝登基之后，随即就将自己的前辈清太祖努尔哈赤、清太宗皇太极的牌位，以及清太祖追赠的四代祖先（肇祖、兴祖、景祖、显祖）牌位自盛京（沈阳）原清室太庙迁到了北京的太庙。
天无二日民无二主，国家也不能有两座太庙。
清朝定都北京，就成为北京的新主人，明朝太庙就变成了清朝的，里面供奉的皇帝以及他们的先人，自然要被请出去。
其实顺治进京的时候，天下大局未定，李自成、张献忠的部队和南明小朝廷的军队还占据着半壁江山。
