如此，这个案件引起的风波才慢慢停息。
神宗去世后，太子终于坐上了皇位，是为光宗。但是，此时的他已经病得快要死掉了。吃了大臣献上的红丸后，万万没料到，翌日就暴毙身亡。接着，在调查过程中，发现可能不是红丸的问题，因为，在吃红丸之前，他的内侍曾给他吃了泻药。因为，这个内侍曾经服侍过郑贵妃，所以，这事又牵涉到了宫闱争斗。
再加上，之后光宗的一个妃子为了挟持小皇帝而不肯搬家，所以，东林党更加认为皇权已经严重被后宫危害，所以，他们主张追查种种谋害皇帝的举动，并且，对郑贵妃等人的干政行为坚决反对。在这样的背景下，党政日益严重。与此同时，阉党作乱，那些被外派到地方去公干的宦官们到处去搜刮民脂民膏，跟强盗一样。
东林党对这种行为深恶痛绝，并始终在和他们抗衡。因此，他们中很多人被剥夺了官位，有的还进了监狱，更惨的是，有人被逼得自尽。在这种激烈的斗争中，熹宗时期，不少东林人开始依附阉党，而后者在魏忠贤的控制下越来越强大。
